Kilari raconte l’histoire d’une petite fille de 14 ans : Kilari Tsukishima. Ses aventures commencent lorsqu’elle sauve la tortue de Seiji Hiwatari, un jeune garçon dont elle tombe immédiatement amoureuse.

Seiji Hiwatari fait partie d’un groupe de chanteurs très populaire : le SHIPS. Elle décide alors d’intégrer le monde du spectacle pour se rapprocher de son bien-aimé. Elle veut devenir chanteuse mais ça n’est pas si facile que ça de réussir dans ce métier. Pour l’aider, elle a avec elle son petit chat, Na-San, ses amis et tout son courage pour atteindre son but et franchir tous les obstacles qui se trouvent sur son chemin.